01.序言
长链非编码RNA(longnon-codingRNA,lncRNA)，是一类长度大于nt、生物来源广泛、具有高度保守性的RNA分子。lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。
然而，近年来的研究表明，lncRNA参与了X染色体沉默，基因组印记以及染色质修饰，转录激活，转录干扰，核内运输等多种重要的调控过程，lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的。
哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生的转录本是lncRNA（相应的蛋白编码RNA的比例是1%），虽然近年来关于lncRNA的研究进展迅猛，但是绝大部分的lncRNA的功能仍然是不清楚的。因此本研究利用转录组测序阐述了不同类型的山羊皮肤色素形成中lncRNA的表达谱。
02.实验材料
以渝东白山羊和酉州黑山羊作为实验材料，取受孕天的山羊的背部和腹部皮肤做研究。
03.实验方法
1.RNA的抽提及文库构建（去核糖体的方法）
2.测序：IlluminaHiSeq0
3.数据分析：对测序结果进行生物信息学分析
04.结果分析
1、山羊胚胎皮肤中lncRNA的鉴定及分析
通过测序共得到84.2Gbcleanreads，分析发现6.29%（）的转录本无参考数据库。利用软件CNCI，CPC，Pfam-scan，和PhyloCSF得到了个lncRNA，进行深入分析。这些lncRNA可以分为3个亚型：基因间lncRNA（intergeniclincRNAs，个）、内含子型lncRNA（introniclncRNA，个）和反义lncRNA（anti-senselncRNAs，个）。
从基因结构和表达水平上对3个亚型的lncRNAs进行初步分析，结果表明，introniclncRNA的转录本长度最长，anti-senselncRNAs次之，intergeniclincRNAs最短；从外显子数量方面，anti-senselncRNAs的数量最多，分布范围最广；而introniclncRNAs在基于FPKM(fragmentsperkbforamillionreads)的表达量方面的表达量最高。以上结果表示不同亚型的lncRNAs在山羊的基因组中具有不同的功能。
ComparativeanalysisofthethreesubtypesoflncRNAs.Thetranscriptlength(a),exoncount(b),andexpressionlevel(c)ofthreesubtypesoflncRNAswere土方治疗白癜风北京哪家治疗白癜风最好
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